Presentato al salone di Ginevra nella primavera del 2006, il Z4 M Coupé prolunga l'idea lanciata dallo Z3 M Coupé: un tetto fisso applicato su una roadster compatta, per una rigidità e un carattere decisamente più marcati. Sotto il cofano, il sei cilindri in linea S54 da 3,2 litri erogava 343 cavalli a 7.900 giri/min, associato a un cambio manuale a sei rapporti e a una trazione posteriore priva di un'invasiva assistenza elettronica.
Prodotto dal 2006 al 2008 in poco più di 4.000 esemplari soltanto, riprende dalla M3 E46 CSL i dischi flottanti forati e gran parte del suo assetto meccanico. Rimasto per lungo tempo nell'ombra della M3, oggi è ricercato come una delle ultime coupé M ad aspirazione naturale con cambio manuale, senza turbo né sovralimentazione. La sua rarità, la sua silhouette discussa all'epoca e la reputazione del S54 ne hanno fatto un youngtimer seguito con grande attenzione.